ماجرا از آن‌جا آغاز شد که روزنامه اعتماد در شماره چهارشنبه 12/2/86 در خبری کوتاه اعلام کرد که حسین موسویان عضو ارشد مذاکره کننده پرونده هسته‌ای بازداشت شده است. در این خبر دو نکته مورد تصریح قرار گرفته بود. نخست آن که اخبار غیررسمی حاکی از وارد کردن اتهاماتی در رابطه با پرونده هسته‌ای به این دیپلمات ارشد سابق هسته‌ای است و دوم آن که موسویان برخی انتقادات را نسبت به رویکرد تیم جدید هسته‌ای کشور ابراز کرده بود. این خبر به گونه‌ای بود که سایت رجانیوز که جدی‌ترین مخالف حسین موسویان محسوب می‌شود در ساعت 3:23:55 سحرگاه چهارشنبه آن را با تیتر ادعای عجیب: حسین موسویان بازداشت شد! منتشر کرد.

همان روز چهارشنبه خبرگزاری ایسنا در ساعت 15:54 بازداشت موسویان را تایید کرد. روزنا پایگاه خبری روزنامه اعتماد ملی البته در ساعت 9:11 به وقت گرینویچ به نقل از یک منبع آگاه نوشته بود به نظر می رسد انتقاداتی كه تیم سابق هسته‌ای به روند كنونی مذاكرات پرونده هسته‌ای داشته‌اند علت بازداشت موسویان باشد. خبرگزاری فارس نیز در ساعت 17:55 همان روز چهارشنبه به نقل از یک منبع موثق رسماً اعلام کرد که تحقیقات مقدماتی از موسویان كه به اتهام ارتباط با عوامل خارجی و تبادل اطلاعات با آنها دستگیر و در حال حاضر در زندان اوین به‌سر می‌برد، آغاز شده است. در خبر فارس 3 نکته از قول همان منبع موثق مورد تاکید قرار گرفته بود: نخست آن که این منبع موثق، اتهام موسویان را مسایل اقتصادی ندانست. دوم آن که موسویان احتمالاً درخصوص مسائل هسته‌ای با خارجی‌ها یكسرسی تبادل اطلاعات داشته است و اتهام جاسوسی درباره وی مطرح باشد. و سوم آن که با توجه به اینكه ایشان تحت بازجویی هستند لذا بحث آزادی وی فعلاً منتفی است. 2 ساعت بعد خبرگزاری ایلنا نیز در خبری که ساعت 19:52 منتشر شد اعلام کرد اتهام‌‏های وارده به سید حسین موسویان امنیتی است و حكم بازداشت وی از سوی معاونت امنیت دادستانی تهران صادر شده است. پیش از ایلنا، خبرگزاری ایرنا نیز چنین چیزی را منتشر کرده بود. بدین ترتیب گمانه‌زنی‌هایی که در چند ساعت اول درباره مسایل اقتصادی موسویان در رسانه‌ها منعکس شده بود حداقل برای مدتی به حاشیه رانده شد. 

در بیرون از ایران نیز در شرایطی که بی‌بی‌سی، رویترز، آسوشیتدپرس، فرانس‌پرس، ریانوستی و... این خبر را منتشر کرده بودند، روزنامه نیویورک تایمز گزارش داد: یکی از شناخته‌ شده‌ترین منتقدان سیاست‌های هسته‌ای دولت محمود احمدی‌‌نژاد در طول دو سال گذشته به اتهام جاسوسی بازداشت شد. این روزنامه آمریکایی به نقل از منابع خبری ایرانی افزود موسویان به خاطر ارتباطش با خارجی‌ها و تبادل اطلاعات مربوط به برنامه هسته‌ای ایران دستگیر شده است. نیویورک تایمز همچنین مدعی شد موسویان بارها از سیاست‌های هسته‌ای احمدی‌نژاد انتقاد کرده است. وی چندی پیش در مصاحبه با خبرگزاری ایسنا گفته بود، دولت ایران نباید قطعنامه‌های سازمان ملل را نادیده بگیرد.

روزنامه گاردین نیز گزارش داد: یکی از دیپلما‌ت‌های ایران که نقش مهمی در مذاکرات هسته‌ای این کشور با اتحادیه اروپا داشت، دستگیر شد... موسویان از لحاظ سیاسی در گروه عمل‌گرا و طرفدار هاشمی رفسنجانی رقیب انتخاباتی احمدی‌نژاد در دور قبلی انتخابات ریاست جمهوری ایران قرار دارد. این روزنامه انگلیسی به نقل از علی انصاری کارشناس ایران در دانشگاه است اندریوز افزود: دلایل سیاسی این دستگیری مشخص نیست اما این مساله در زمان حساسی صورت گرفته است. یعنی در شرایطی که ایران در مقابل فشارهای جامعه جهانی و تحریم‌های سازمان ملل شاهد ایجاد شکاف در میان مقامات رسمی خود است.

روزنامه فایننشیال تایمز نیز با اعلام خبر دستگیری موسویان به نقل از محمد عطریانفر گزارش داد: اتهامات تایید نشده مالی علیه وی اعمال شده اما شواهد قوی وجود دارد که دستگیری موسویان به برنامه هسته‌ای مربوط است. فایننشیال تایمز همچنین تصریح کرد: موسویان نقش مهمی در مذاکرات ایران و اتحادیه اروپا داشت و پس از روی کارآمدن محمود احمدی‌نژاد نیز از منتقدان شناخته شده سیاست‌های هسته‌ای رئیس‌جمهور بود. اما وی همانند سایر دیپلمات‌های عمل‌گرا از مذاکرات آقای لاریجانی و سولانا حمایت کرد.

خبرگزاری آسوشیتدپرس نیز با انتشار خبر دستگیری موسویان به نقل از جان ولفستال کارشناس مرکز مطالعات استراتژیک و بین‌الملل واشنگتن مدعی شد [...] دستگیری موسویان شاید نشان‌دهنده آن باشد که عده‌ای به دنبال ایجاد تعادل میان جناح‌های مختلف در ایران قصد دارند مانع از قدرت گرفتن عمل‌گراها به رهبری هاشمی رفسنجانی شود. جان آلترمن مدیر بخش خاورمیانه این موسسه نیز گفت: صحبت کردن در مورد این دستگیری به خاطر فقدان اطلاعات لازم در مورد آنچه در داخل دولت ایران می‌گذرد سخت است، اما ممکن است یکی دیگر از موضع‌گیری‌های جناحی در ایران باشد. جناح‌های قدرت در ایران از بازی‌های تاکتیکی بسیاری در مقابل هم استفاده می‌کنند که دستگیری موسویان نیز می‌تواند در همین قالب قرار بگیرد.

در این شرایطی سایت عدالتخانه که یکی از سایت‌های نزدیک به دولت محسوب می‌شود در خبری (12/2/86) نوشت: چندی پیش رئیس جمهور در جلسه ای خصوصی خطاب به شرکت کننگان چنین عنوان نمودند که در خصوص پرونده هسته‌ای به اطلاعات جدیدی دست یافته‌ایم که غیر قابل باور است. ایشان در این جلسه از خیانت برخی از مسوولین پرونده هسته‌ای و ارتباط ایشان با بیگانگان خبر دادند و عنوان نمودند که در حال حاضر پرونده این افراد در دست بررسی است و بعد از تکمیل اطلاعات اقدامات مقتضی به عمل خواهد آمد.

عدالتخانه در انتهای خبر خود یک پیش‌بینی عجیب کرده بود: با توجه به اظهارات رئیس جمهور در این خصوص، احتمال دستگیری تعداد دیگری از افراد مرتبط با پرونده هسته‌ای ایران در زمان دولت قبلی و ریاست شیخ حسن روحانی بر پرونده هسته‌ای وجود دارد.

در ادامه تحولات چهارشنبه هنگام غروب، در حالی که برخی رسانه‌ها از رایزنی‌های گسترده برای آزادی موسویان خبر داده و از احتمال آزادی او تا شامگاه چهارشنبه سخن می‌گفتند، سایت سپهر نیوز که آن نیز از سایت‌های نزدیک به دولت نهم است از فشارهای همه‌جانبه بر دستگاه قضایی سخن می‌گفت. در حالی که وب‌سایت روزنامه اعتماد ملی بازداشت موسویان را این گونه تحلیل می‌کرد که برخی منابع به واسطه نزدیكی موسویان با هاشمی‌رفسنجانی و حسن روحانی از پیامی سیاسی به طیف میانه‌رو و اعتدال‌گرایی سخن می‌گویند كه سیاست پرهیز از ادامه تنش با غرب در پرونده هسته‌ای را در پیش گرفته‌اند، سایت سپهر نیوز بر این نکته تاکید داشت که در هفته های گذشته نسبت به وجود خائنین در تیم هسته‌ای دولت سابق هشدار داده است. و این تضاد ادامه داشت.

دو روز بعد، سایت تندرو رجانیوز که توسط فاطمه رجبی اداره می‌شود در مطلبی با عنوان مرثیه ای برای ایران؛ مخزن اسرار در دست نااهلان که روز شنبه 15 اردیبهشت منتشر شد حسین موسویان را یک جاسوس كاركشته خواند و با حمله‌ای تمام‌عیار به تیم سابق هسته‌ای در جمله معناداری نوشت: پرونده هسته‌ای كشور به مثابه خط مقدم سیاست خارجی جمهوری اسلامی، 2 سال در دست تجار دیپلمات نمایانی بوده كه یكی اهل رشوه و دزدی، دیگری سردرآخور بیگانه مشغول جاسوسی و دیگری...؟ این ماجرا هنوز روشن نیست كه خاتمه یافته یا دنباله داری دلخراش است؟. رجانیوز البته جملات دیگری هم داشت: دستگیری موسویان ترجمه روشنی است از مجموعه تعفن‌آوری كه در زرورقهای خوشرنگ لزوم بازگشت به سیاست هسته‌ای سابق، تعلیق دوباره، پرهیز از میل دادن كشور به سوی جنگ، تدبیر با القای بی تدبیری دولت نهم و... همه روزه روی دكه های روزنامه فروشی و برخی تریبونها، كادوپیچ شده تحویل افكار عمومی می شود. 

در پایین این مطلب تند وخواندنی البته چیزهای دیگری نیز با همان سبک نگارش البته این بار به نقل از خوانندگان مورد اشاره قرار گرفته بود. یکی از این پیام‌ها به رقابت‌های انتخاباتی اشاره داشت: چشم آقای خاتمی روشن باد. حواس مردم هم جمع باشد كه از این به بعد برای انتخاب رییس جمهور به ژست های شیك و قیافه‌هایی با لبخند ژوكوند و ترفندهای تبلیغاتی و شعارهای روشنفكرانه غرب زده توجه نكنند و فقط به محتوا و برنامه‌ها و سوابق درست و ایمان و تعهد انقلابی كاندیدای خود توجه كنند تا بار دیگر در دام آدم هایی مثل آقایان دوران (نا) سازندگی و (نا) اصلاحات نیفتند. خواننده‌ای دیگر نیز با همان قلم عیناً چنین نوشته بود: این روزها یاد آور روزها و خاطرات سال 67 در جریان عزل آقای منتظری می‌افتیم. خیلی‌ها آن موقع و با مشخص شدن جریان آقای مهدی هاشمی فكر نمی كردند كه قضیه تا عزل آقای منتظری پیش برود ولی دیدیم كه قضیه تا كجا پیش رفت و امروز بركات آن حركت را برای نظام و انقلاب شاهدیم. به نظر می‌رسد كه این حركت وزارت اطلا عات می‌بایست به [...] منتهی شود تا یكباره نظام و انقلاب در مسیر جدید خود قدرت‌های خارجی را از طمعه ورزی به انقلاب نا امید كنند.

البته در میان حدود 10 پیام تند این سایت 2 پیام متفاوت نیز به چشم می‌خورد که نوشتاری متفاوت نیز داشت. در یکی از این پیام‌ها نوشته شده بود: پس معلوم شد چرا موسویان را گرفته اند. تا بقیه ساکت شوند؟. بیننده‌ای دیگر نیز نوشته بود: این اصرار شما بر بی ادبی در نوشتارتان و اینکه همه غیر از شما نامسلمانند رفته رفته اشتیاق دیدن سایت شما را از من گرفته. من نمیدانم اسلامی که شما دم از آن میزنین از کجا آمده، چون هیچکدام از موکدات اسلام را در رفتار شما نمیبینم. شما آیا خبرنگارید یا قاضی که این چنین به بی‌آبرو کردن انسانها قبل از اثبات جرمشان پای می‌فشرید. خدا هدایت تان کند.

در جبهه مقابل سایت رجانیوز نیز البته مطالب زیادی منتشر شد. سایت روز در مطلبی با عنوان درباره حسین موسویان در تاریخ پنجشنبه 13 اردیبهشت، با اشاره به این که حسین موسویان یکی از پنج دیپلمات شناخته شده بین المللی ایرانی است که در میان دیپلمات های جهان اعتبار ویژه‌ای دارند آورد: اگرچه هنوز برای اظهار نظر در مورد عواقب دستگیری موسویان و دلایل دستگیری وی زود است، اما به نظر می رسد که وی جزو اولین قربانیان رقابت سیاسی احمدی نژاد با محافظه کاران میانه رو در رقابت های انتخاباتی دو سال آینده است.

این سایت در مطلب دیگری با عنوان اتهام جاسوسی به همکار هاشمی نیز چنین تحلیلی داشت: این نوع پرونده‌ها که تنها رقابت‌های سیاسی روز علت تشکیل آن‌هاست، به گفته آگاهان مصرف داخلی دارد و در شرایط حاضر می‌تواند به نوعی گروگان گیری برای ساکت کردن قوی ترین گروه رقیب دولت فعلی تعبیر شود.

بی‌بی‌سی نیز رسانه‌ای بود که تحلیلی مخالف سایت رجانیوز ارایه می‌کرد. این خبرگزاری در مطلبی با عنوان بازداشت اسرارآمیز حسین موسویان که یادداشتی تند و تیز بود و روز شنبه انتشار یافت؛ نوشت: موسویان در طول دولت آقای احمدی‌نژاد یکی از منتقدان رویکرد این دولت در مورد برنامه هسته‌ای ایران بوده است. نقد صریح سیاست هسته‌ای دولت آقای احمدی نژاد توسط آقای موسویان با ادعای برخی سایت‌های نزدیک به دولتی مبنی بر اینکه وی اطلاعات پرونده هسته‌ای ایران را به بیگانگان انتقال داده است، مغایرت دارد، چراکه عموم کسانی که درگیر جرم‌های امنیتی‌اند، برای دور نگه داشتن خود از چشم سازمان‌های امنیتی، از نقد صریح سیاستهای دولت حاکم پرهیز می کنند.

بی‌بی‌سی همچنین معتقد بود که سرنوشت آقای موسویان جهت‌گیری سیاست در ایران را تا اندازه زیادی روشن خواهد کرد و می‌افزود: سکوت نزدیکان سیاسی حسین موسویان شاید ناشی از رایزنی‌های پشت پرده آنان با مقامهای ارشد نظام برای آزادی او باشد، اما اگر چنین رایزنی‌هایی در کار نباشد، در آن صورت ادامه این سکوت یا به معنی پذیرش خطاهای امنیتی آقای موسویان است یا اینکه آنان خود را نیز در معرض خطر می‌بینند.